All’interno della facciata della chiesa, sopra quattro volute su cui poggia una balaustra decorata con teste a rilievo e riquadri, si innalza la cantoria dell’Organo composta da quattro cariatidi ed una serie di aste unite da fregi diversi. La parte alta termina con lo stemma della Famiglia Rospigliosi.
L’organo fu costruito nel 1613 da Cosimo Ravani di Lucca, il quale lo realizzò in legno intagliato e dorato, e fu inserito nell’arco barocco, opera seicentesca dell’architetto pistoiese Jacopo Lafri. Il primo restauro fu del 1663 e venne realizzato dal fiammingo Guglielmo Ermanno per volere del Cardinale Giulio Rospigliosi. A questo intervento ne seguirono altri, fra cui si ricordano quello del 1673 e quello del 1715.
L’organo è incorniciato da due pilastri a torre quadrata con nicchie, entrambi sormontati da un arcone. Entro lo spazio dei pilastri vi erano alcuni affreschi che nella seconda metà del ‘900 furono distaccati, restaurati e collocati altrove. Nel pilastro di destra troviamo la sinopia di una Maddalena, il cui affresco, staccato e restaurato, si trova oggi in Sagrestia. Nel medesimo pilastro si annoverava la presenza dell’Urna marmorea del Beato Lorenzo, spostata a metà della chiesa nel corso del XVII secolo, ed una nicchia sovrastante affrescata, all’interno della quale si potevano ammirare notevoli affreschi, come ad esempio quello raffigurante il San Girolamo del Verrocchio, oggi collocato in Sagrestia in seguito allo stacco ed al relativo restauro.
Scomparsa la parte meccanica dell’organo durante la Seconda Guerra Mondiale, oggi rimangono solo la cantoria e la mostra organaria.
